在水产品加工中，应用臭氧消毒技术能使产品质量提高到一个新的水平。
1、生产用水的杀菌净化
水产品加工生产需要大量的洁净水，这是生产成本中一项较大的开支。目前由于污染日益严重，许多水产加工厂家的水源达不到卫生指标，而使用其他的消毒方法又存在有害残留，不符合出口标准。使用臭氧消毒技术能有效的解决这个问题。臭氧消毒的原理是臭氧在水中发生氧化还原反应，产生氧化能力极强的单原子氧（O）和羟基（OH），瞬间分解水中的有机物质、细菌和微生物。羟基（OH）是强氧化剂、催化剂，可使有机物发生连锁反应，反应十分迅速。羟基（OH）对各种致病微生物有极强的杀灭作用。单原子氧（O）也具有强氧化能力，对顽强的微生物如病毒、芽胞等有强大的杀伤力。

2、臭氧气体的应用
臭氧气体作为高效、广谱、无残余污染的气体消毒剂，比常用的化学消毒剂如：过氧乙酸、次氯酸钠、甲醛(福尔马林)、二氧化氯等相比，其效果具有特殊的优越性。臭氧会自行分解成氧气而不产生残余污染，消毒后不需要通风换气。水产品加工及包装车间，有比较高的卫生要求，生产车间的微生物污染是影响产品质量的极重要因素。目前国内的加工车间大都采用紫外灯消毒，紫外线对不能照射的地方无杀菌效果，在相对湿度60%以上时，紫外线杀菌效果急剧下降，80%湿度以上时反可诱使细菌复活。臭氧与紫外线照射杀菌相比较，具有扩散性好、浓度均匀、无死角等特点，一般的情况下，水产品加工车间及冷藏库内的湿度都比较大，而臭氧则是湿度越大杀菌效果越好，对食品加工行业80%一90％高湿度环境特别适合。臭氧用于加工车间及冷库消毒效果很好，并可有效的去除异味。使用臭氧对工作服和加工器具消毒，非常有效简便易行。不会使工作服因高温高压蒸汽灭菌后而由白变黄及纤维受到破坏而脱落的现象。不但消毒彻底，而且还会延长使用寿命。